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Es wird angenommen, dass bei rund 15% der Paare mit unerfülltem Kinderwunsch genetische Faktoren beim Mann für die Unfruchtbarkeit verantwortlich sind. Eine sorgfältige klinische Abklärung (Spermiogramm etc.) ergibt meist auch Hinweise auf eine vorliegende genetische Störung. Bei normalem Spermiogramm hingegen scheint eine sehr häufige Mutation (20% der Männer) im Defensin-Gen ein wichtiger Grund für eine reduzierte Fruchtbarkeit zu sein.
Chromosomale Veränderungen sind bei ca. 2% der infertilen Männer, d.h. etwa 10 mal häufiger zu finden als in der männlichen Normalbevölkerung.
Die Wahrscheinlichkeit für eine Chromosomenanomalie steigt dabei mit der Abnahme der Spermienzahl: Bei Männern mit Azoospermie liegt sie bei 13-15%, bei Männern mit Oligozoospermie (< 10 Millionen Spermien/ml) bei 7-10%:
Etwa 4% der infertilen Männer weisen Verschlüsse der Samenleiter, auf.
Etwa 7% der infertilen Patienten weisen Mikrodeletionen im langen Arm (Yq11) des Y-Chromosoms auf (Azoospermiefaktor, AZF). Bei Patienten mit Azoospermie liegt dieser Prozentsatz sogar bei 66%.
Daneben gibt es zahlreich monogene Faktoren, die zu einer Beeinträchtigung der Spermienproduktion führen können (POLG, Androgenrezeptor).
Sehr selten ist das XX-Male-Syndrom bei dem chromosomal ein weiblicher Karyotyp vorliegt, aber eine versteckte SRY-Gen-Tanslokation vorliegt.
Zur Abschätzung des Behandlungserfolges einer Oligospermie mittels rekombinantem FSH (Follikel stimulierendes Hormon) kann die Untersuchung des FSH-Rezeptorgen-Polymorphismus Asn680Ser wertvolle Hinweise geben.